Anchwennefer kan een zoon zijn geweest van zijn voorganger Harwennefer, hoewel dit niet zeker is.
Na de dood van Harwennefer, die als farao in Opper-Egypte had geregeerd, wisten de Ptolemaeën delen van Opper-Egypte te heroveren.
Al in de herfst van 199 v. Chr. zijn er van Ptolemaeus V dateringen in Thebe.
Ackhwennefer is daar in de herfst van 195 voor Christus als een farao die in de tussentijd de Ptolemaeën wist te verdrijven.
Dit is mogelijk gebeurd met de hulp van de Nubiërs, die in 189 v. Chr. zijn geattesteerd in Aswan.
In de jaren die volgden wist Ptolemaeus V echter de overhand te krijgen.
Generaal Komanos versloeg Ankhwennefer in een veldslag in de Thebaanse Gau in 186 voor Christus, in het 19e jaar van de regering van Ptolemaeus V op 23 Epiphi (27 augustus).
Ankhvennefer werd vervolgens gevangengenomen en later uitgeroepen tot vijand van de goden, daarom kreeg hij de Griekse naam Chaonnophris (De gevallen Osiris).
Het laatste Thebaanse document waarin Ankhwennefer wordt genoemd, dateert het 14e jaar van zijn regering in de maand Phaophi (november).
De eerste Thebaanse vermelding van Ptolemaeus V vindt plaats kort daarna in de maand Hathyr (december).
Wat er met Ankhwennefer is gebeurd, is controversieel in onderzoek, aangezien de relevante passage in het priesterdecreet Philensis II verschillend wordt geïnterpreteerd.
Hij werd ofwel geëxecuteerd of er is hem gratie verleend.