Merkheperre was een Egyptische farao van de late 13e dynastie van Egypte tijdens de Tweede Tussenperiode die enige tijd regeerde tussen 1663 voor Christus en 1649 voor Christus.
Als zodanig zou Merkheperre geregeerd hebben over Opper-Egypte vanuit Thebe of over Midden- en Opper-Egypte vanuit Memphis, in die tijd stond de oostelijke Nijldelta onder de heerschappij van de 14e dynastie.
Merkheperre komt voor in de canon van Turijn, een koningslijst samengesteld in de vroege Ramesside-periode.
Volgens de egyptoloog Kim Ryholt geeft de canon zijn prenomen op de 8e kolom, regel 17 (Gardiner entry 7.22 ).
De Turijnse papyrus is beschadigd op het gedeelte dat de late 13e dynastie beslaat en de regeerperiode van Merkheperre is verloren gegaan in een lacune.

Merkheperre wordt ook bevestigd door twee artefacten die dateren uit zijn regering: een geglazuurd gewicht van grijze leisteen met zijn cartouche, nu in het Petrie Museum UC 16372 en een scarabee waarop zijn naam is gegraveerd.
Hoewel de scarabee door Darrell Baker, Jürgen von Beckerath, Stephen Quirke en anderen als bewijs van Merkheperre wordt aanvaard, verwerpt Kim Ryholt deze toeschrijving.
Ryholt wijst op zijn gebrek aan koninklijke attributen en insignes, evenals zijn stilistische kenmerken die afwijken van andere koninklijke zegels van de 13e dynastie.
Ryholt stelt eerder dat de scarabee simpelweg Khepri voorstelt die tegen de zon duwt.

De exacte chronologische positie van Merkheperre is niet met zekerheid bekend, aangezien de beschadigde staat van de Turijnse canon slechts vermoedens van reconstructies van de late 13e dynastie toelaat, volgens Ryholt was hij de 47e heerser van de dynastie, terwijl Baker hem ziet als de 46e en Von Beckerath als de 57e.
Iedereen is het erover eens dat hij werd opgevolgd door Merkare, maar von Beckerath stelde voor dat zijn voorganger Mershepsesre Ini II was, toen Ryholt en Baker door een nieuwe reconstructie van de Turijnse canon voorstelden dat zijn voorganger Mershepsesre Ini II was.

Scarabee zegel van farao Merkheperre, nu in het British Museum BM EA 42204.

(Auteur: Henry Reginald Hall: Catalogue of Egyptian scarabs, etc., in the British Museum (1913) )