Ptolemaeus IX Soter II (Oud-Grieks: Πτολεμαίος Σωτήρ), bijgenaamd Lathyros (Λάθυρος: kikkererwt) en mogelijk ook Physcon (Φύσκων: dikkerd), was de oudste zoon van Ptolemaeus VIII en Berenice III, waarschijnlijk geboren in 143/142 v. Chr.
Hij zou driemaal koning van Egypte zijn: van 116 tot 110 v. Chr., 109 tot 107 v. Chr. en 88 tot 81 v. Chr.
Hij was waarschijnlijk reeds eponiem priester in 134/133 v. Chr.
Hij werd gouverneur (strategos) van Cyprus rond 118 v. Chr.

Eerste regeringsperiode (116 – 107 v. Chr.)
Op 28 juni 116 v. Chr. werd Ptolemaios tot de jongere mederegent van Cleopatra II en Cleopatra III uitgeroepen, onder druk van de legervergadering in Alexandrië op Ptolemaios’ moeder die van haar man toestemming zou hebben gekregen de zoon van haar keuze uit te kiezen als mederegent.
Hij was gehuwd met zijn zuster Cleopatra IV}, van wie hij blijkbaar hield, maar moest scheiden om met zijn jongere zus Cleopatra Selena I te kunnen huwen.
Bij zijn eerste vrouw zou hij minstens één zoon hebben (waarschijnlijk Ptolemaeus XII en Ptolemaeus van Cyprus) en bij zijn tweede Berenice III.
In september of oktober 117 v. Chr. werd Ptolemaios van de troon verjaagd, nadat zijn moeder hem ervan had beschuldigd haar te willen vermoorden.
In de plaats van Ptolemaios IX plaatste ze nu haar lievelingszoon Ptolemaios X Alexander I op de troon.

Tussenperiode (107 – 88 v. Chr.)
Ptolemaios gaat in ballingschap. Hij slaagde er in de zomer van 105 v. Chr. de macht over te nemen op Cyprus.
Cleopatra zag op aanraden van haar joodse generaal Ananias af van een verovering van Palestina.
Deze werd uitgestuurd om Ptolemaios IX gevangen te nemen op Cyprus.
Maar Ptolemaios IX wist aan zijn moeders leger te ontsnappen en te vluchtten naar Syrië.
Hij had immers kort voordien Antiochus IX Cyzicenus gesteund in zijn strijd tegen de joden, en zou hem ook steunen in zijn strijd tegen Antiochus VIII Grypos.
Daarop zette Cleopatra III in op Antiochus VIII en stuurde hem naast versterkingen ook Ptolemaios IX voormalige echtgenote Cleopatra Selena I.
Ptolemaios IX slaagde er dan ook niet in om Egypte van daaruit militair terug te winnen.
Haar generaal, die faalde haar zoon gevangen te nemen, werd door haar ter dood gesteld.
Ptolemaios X Alexander I, die hierdoor schrik kreeg, besloot het zeker voor het onzekere te nemen en liet zijn moeder in september 101 v. Chr. vermoorden.
Daarop nam hij zijn echtgenote Berenice III tot mederegent in oktober 101 v. Chr., maar door zijn joden-vriendelijke politiek en het feit dat de Syrische interne twisten waren beëindigd, werd hij verdreven uit Alexandrië in mei 88 v. Chr. en werd Ptolemaios IX teruggeroepen uit ballingschap.

Tweede regeringsperiode (88 – 81 v. Chr.)
Ptolemaios IX werd waarschijnlijk in oktober of november 88 v. Chr. gekroond in Memphis.
Hoewel hij nu alleenheerser was, kreeg hij de volgende jaren te maken met autochtone opstanden in Opper-Egypte.
Van augustus 81 v. Chr. tot zijn dood die waarschijnlijk ergens in december 81 v. Chr. valt te dateren, was zijn dochter Berenice III zijn mederegent.
Zij zou hem opvolgen als koning van Egypte.

Geboortenaam: ptwlmis (anx-Dt mri-ptH) Ptolemajos ankh det Meriptah
(Ptolemaeus, Eeuwig levend ; Geliefd door Ptah)

Zilveren tetradrachme van de Egyptische farao Ptolemaeus IX Soter II.
(Bron: http://www.wildwinds.com/coins/greece/egypt/ptolemy_IX/)

Ptolemaeus IX, reliëf in de tempel van Edfu.

Kroning van Ptolemaeus IX afgebeeld in Kom Ombo.