Ptolemaeus XIII Theos Philopator was de oudste zoon van Ptolemaeus XII Auletes en broer van de bekendste Cleopatra, Cleopatra VII.
Cleopatra VII was de derde dochter van koning Ptolemaeus XII, met wie zij in eerste instantie samen regeerde.
Toen Ptolemaeus XII Auletes stierf in het voorjaar van 51 v. Chr., was Cleopatra VII net 18 jaar oud en als Auletes’ oudste kind (één oudere zuster was reeds gestorven) werd zij co-heerser met haar jongere broer Ptolemaeus XIII.
Zij trouwde met hem en consumeerde het huwelijk om haar greep op de troon te verstevigen.
Vanaf augustus 51 v. Chr. begon Cleopatra VII met het weglaten van de naam van Ptolemaeus XIII in de officiële documenten, een klap in het gezicht van de Ptolemaeïsche traditie die bepaalde dat vrouwelijke heersers ondergeschikt waren aan de mannelijke co-heerser.
Bovendien verscheen alleen Cleopatra’s gezicht op munten.
Misschien vanwege haar drang tot zelfstandigheid zette een kliek van hovelingen, geleid door de eunuch Pothinus Cleopatra af, waarschijnlijk in 48 v. Chr., wellicht eerder; een decreet met alleen de naam van Ptolemaeus bestaat uit 51 v. Chr.
Zij probeerde om een rebellie te organiseren rond Pelusium maar zij was spoedig gedwongen om Egypte te ontvluchten, haar enige levende zuster, Arsinoe IV vergezelde haar.
In de herfst van 48 v. Chr. echter bracht Ptolemaeus zijn eigen macht in gevaar door onwettelijke inmenging in de zaken van Rome.
Toen Pompeius, op de vlucht voor de zegevierende Julius Caesar, arriveerde in Alexandrië op zoek naar bescherming, liet Ptolemaeus hem vermoorden om in de gunst van Caesar te komen.
Caesar vond dit verraad echter zodanig verachtelijk dat hij de Egyptische hoofdstad innam en zichzelf als arbiter in de rivaliserende claims van Ptolemaeus en Cleopatra benoemde.
(Pompeius was getrouwd met de dochter van Caesar, die gestorven was bij de geboorte van hun zoon.)
Na een korte oorlog werd Ptolemaeus gedood en Caesar herstelde Cleopatra op de troon, met een andere jongere broer, Ptolemaeus XIV, als nieuwe co-heerser.

Een gravure van de Ptolemaeïsche heerser Ptolemaeus XIII.
(Artiest: Élisabeth Sophie Chéron (1648 – 1711), gepubliceerd in ca, 1736)
De gravure is gebaseerd op een medaillon van Ptolemaeus XIII Theos Philopator uit de 1e eeuw voor Christus,

Afbeelding van Ptolemaeus XIII op de tempel te Kom Ombo.