Heerser, vermeldt op de koningslijst van Turijn en Karnak alsmede een beeld en stèle van Karnak en een stèle van Abydos.
De precieze identiteit van Sobekhotep blijft echter controversieel.
D. Franke identificeert hem met een koning genaamd Ani, dezelfde naam wordt beschouwd als een voorouderlijke naam van Sobekhotep.
De koningslijst van geeft hem 2 jaar, 2 maanden en 9 dagen van heerschappij.

Volgens egyptoloog Kim Ryholt was hij de 31e farao van de dynastie, terwijl Darrell Baker in plaats daarvan gelooft dat hij de 30e heerser was als alternatief zien Jürgen von Beckerath en Detlef Franke hem als de 25e koning van de dynastie.
Tot Ryholts studie van de Tweede Tussenperiode geloofde men dat Sobekhotep VI’s prenomen Merhotepre was.
Ryholt herwaardeerde het archeologische bewijs echter en schreef Merhotepre toe aan Sobekhotep V en Khahotepre aan Sobekhotep VI, vanwege deze verandering van prenomen worden Merhotepre Sobekhotep en Khahotepre Sobekhotep in oudere studies respectievelijk Sobekhotep VI en Sobekhotep V genoemd.
De vader van Khahotepre Sobekhotep VI was misschien Sobekhotep IV, de best beschreven koning van de hele tweede tussenperiode, deze hypothese is gebaseerd op een inscriptie gevonden in de Wadi el-Hudi die bevestigt dat Sobekhotep IV een zoon had genaamd ‘Sobekhotep’.
Als deze zoon inderdaad Sobekhotep VI is, dan zou zijn moeder mogelijk Tjan zijn, de vrouw van Sobekhotep IV.
De koningin van Sobekhotep VI kan Khaenoub (ook Khaesnebou) of Nubhotepti zijn genoemd.

Zegelafdruk UC 11570
(Te zien in het Petrie Museum)

Scarabee-vormig zegel-amulet gegraveerd met een cartouche met tekens die de prenomen van Sobekhotep VI zouden kunnen zijn.
Of, meer waarschijnlijk, een formule-uitdrukking die verband houdt met de cultus van de zonnegod, Ra.
Deze wordt aan weerszijden geflankeerd door gestileerde papyrusplanten.
(Te zien in “The Metropolitan Museum of Art”)